Hoewel de PocketBook Era Lite veel te bieden heeft, zijn er enkele aandachtspunten. Het belangrijkste nadeel is het gebrek aan ondersteuning voor populaire abonnementsdiensten zoals Kobo Plus, Storytel en BookBeat. Dit kan een dealbreaker zijn voor lezers die veelvuldig gebruikmaken van deze diensten. De e-reader is wel compatibel met de Online Bibliotheek, maar dat geldt alleen voor bibliotheekleden in Nederland en België.
Daarnaast heeft de Era Lite geen ingebouwde luidspreker; voor audioboeken en Text-to-Speech heb je een Bluetooth-hoofdtelefoon of de meegeleverde USB-C-audioadapter nodig. Dit is een kleine belemmering voor wie direct wil luisteren zonder extra accessoires. Het scherm reageert, zoals bij alle e-readers, trager dan een tablet of smartphone, vooral bij het verversen. Dit is normaal voor E Ink, maar kan wennen zijn voor nieuwe gebruikers.
Verder is de opslagcapaciteit met 16 GB voldoende, maar niet uitbreidbaar. Voor de meeste lezers is dat genoeg voor duizenden e-books, maar gebruikers met grote audiocollecties kunnen tegen de limiet aanlopen. Tot slot is de prijs iets hoger dan sommige concurrenten met vergelijkbare specificaties, hoewel de extra functionaliteiten dit deels rechtvaardigen.