Ondanks de vele pluspunten zijn er ook enkele nadelen aan de PocketBook Era Lite. Het meest in het oog springende nadeel is dat deze e-reader niet geschikt is voor populaire leesabonnementen zoals Kobo Plus, Storytel of BookBeat. Wie gewend is aan een all-you-can-read model, zal hier teleurgesteld zijn. Je bent aangewezen op gratis boeken, aankoop per titel of lenen via de Bibliotheek. Hoewel het open ecosysteem juist een voordeel is, kan het ontbreken van abonnementsdiensten voor sommige gebruikers een dealbreaker zijn.
Verder heeft de Era Lite geen ingebouwde luidsprekers. Wil je audioboeken beluisteren, dan ben je verplicht om een Bluetooth-apparaat of de meegeleverde adapter met bedrade koptelefoon te gebruiken. Dit is niet per se een groot probleem, maar het is wel iets om rekening mee te houden. Ook mist de e-reader een waterbestendigheidscertificering, zoals IPX8. Hoewel niet alle e-readers waterdicht zijn, is het voor vakanties of lezen in bad een gemis.
Tot slot: de snelheid van het E Ink-scherm is, zoals bij elke e-reader, lager dan die van een tablet of telefoon. Het scherm knippert bij het verversen van pagina's en reageert minder vlot op aanrakingen. Dit is normaal voor E Ink-technologie, maar gebruikers die voor het eerst een e-reader gebruiken, moeten hieraan wennen. Ook het besturingssysteem is niet zo soepel als dat van concurrenten zoals Kobo of Kindle. Het werkt goed, maar oogt soms wat minder verfijnd.